Aanvanklik was daar net een NG Kerk. Daar was altyd ‘n baie sterk sending-gerigtheid in die kerk se geledere. So ontstaan daar oral in Suidelike Afrika sendingwerkkringe, waarvan die meeste hulle oorsprong het by sendinginstitute en sendinggenootskappe. Mettertyd neem die verskillende sinodes van die NG Kerk (die kerk in Kaapland, Transvaal, Vrystaat en Natal) verantwoordelikheid vir hierdie sendingwerksaamhede. Later sou Namibië ook bykom.
Dit lei geleidelik tot die ontstaan van verskeie NG Kerk in Afrika-sinodes (NGKA) oor die land. In 1963 het hierdie sinodes verenig in die Algemene Sinode van die NG Kerk in Afrika.
Binne die Afrikaanssprekende NG Kerk het daar egter sedert 1824 ‘n nuwe groepering ontstaan. As gevolg van ‘n versoek tot die afsonderiike bediening van nagmaal aan die boeregemeenskap uit die gemeente Stockenstroom in die Oos-Kaap daardie jaar, besluit die Kaapse Sinode in 1857 dat hierdie versoek toegestaan kan word, met die motivering “terwille van die swakheid van sommige.” Dit lei egter tot die afsonderlike bediening van bruin lidmate van die NG Kerk (sogenaamde sendinggemeentes), wat op sy beurt weer gelei het tot die stigting van die NG Sendingkerk in 1881.
Intussen het die werksaamhede van die NG Kerk in buurlande soos Zimbabwe, Zambië en Malawi onafhanklik ontwikkel tot eie sinodes, met vennootskappe met NG Kerk-sinodes in Suid-Afrika. So is daar die Reformed Church in Zimbabwe (RCZ) in Zimbabwe, die Church of Central Africa Presbyterian (CCAP) in Malawi en Zimbabwe, die Swaziland Reformed Church in Swaziland, die Dutch Reformed Church in Botswana in Botswana asook die Reformed Church in Zambia (RCZ) in Zambië. Die Igreja Reformada em Moçambique (IRM) in Mosambiek bygekom sowel as die Igreja Reformada Evangelica em Portugal in Portugal.
Terwyl die NG Kerk aanvanklik hoofsaaklik bestaan het uit Nederlandssprekendes, wat later tot Afrikaanssprekende lidmate ontwikkel het, is die Iidmate van die ander kerke ook hoofsaaklik taal- en geografies gebonde.
In 1982 aanvaar die NG Sendingkerk die Belydenis van Belhar tydens hulle vierjaarlikse sinodesitting in Bellville-Suid (Kaapstad) in die gemeente van Belhar. ‘n Finale, hersiene weergawe word in 1986 aanvaar. In hierdie belydenis word onder andere gedwonge afsonderiikheid en geskeidenheid (politieke beleid) op rassegrondslag as onchristelik gestel.
Omdat die kerk ‘n versoenende gemeenskap behoort te wees, moet die sigbare eenheid van die kerk ‘n getuienis wees van hierdie versoening. Met hierdie belydenis as grondslag vind die vereniging tussen die NG Sendingkerk en die NG Kerk in Afrika in 1996 plaas en word die Verenigende Gereformeerde Kerk in Suider-Afrika (VGKSA) gestig.
Nie alle gemeentes van die NG Kerk in Afrika het egter deel geword van die VGKS nie. Veral in die Noord-Kaap en Vrystaat bestaan daar tans nog baie gemeentes as deel van twee verskillende NGKA Sinodes.
Intussen het sendingwerk onder die Indiërbevolking van Suid-Afrika gelei tot die totstandkoming van die Reformed Church in Africa (RCA) in 1988.